Le monde est unifié autour de la Fédération des Nations Unies et connaît des jours de paix. Nunnally vi Britannia est en visite diplomatique dans un camp de réfugiés avec Suzaku Kururugi, sous les traits de Zero. C'est alors que de mystérieux Knightmare Frames attaquent le camp et kidnappent les deux représentants. Le terrible royaume de Zilkhstan serait-il à l'origine de cette crise ?